1．透射式熒光顯微鏡：激(ji)發(fa)光(guang)(guang)源是(shi)通過聚(ju)光(guang)(guang)鏡(jing)穿過標(biao)(biao)本材料來激(ji)發(fa)熒(ying)光(guang)(guang)的(de)。常(chang)用(yong)暗視野集光(guang)(guang)器，也可用(yong)普通集光(guang)(guang)器，調節反光(guang)(guang)鏡(jing)使(shi)激(ji)發(fa)光(guang)(guang)轉(zhuan)射和(he)旁射到標(biao)(biao)本上．這是(shi)比較(jiao)舊式的(de)熒(ying)光(guang)(guang)顯微(wei)鏡(jing)。其優點是(shi)低倍鏡(jing)時熒(ying)光(guang)(guang)強(qiang)，而缺點是(shi)隨(sui)放(fang)大(da)(da)倍數增加其熒(ying)光(guang)(guang)減弱．所以對(dui)觀察較(jiao)大(da)(da)的(de)標(biao)(biao)本材料較(jiao)好。

2．落射式熒光顯微鏡：這是(shi)(shi)近代發(fa)(fa)展起來的(de)新式熒(ying)光(guang)(guang)(guang)顯微鏡(jing)(jing)，與上不(bu)同(tong)(tong)處是(shi)(shi)激(ji)發(fa)(fa)光(guang)(guang)(guang)從物(wu)鏡(jing)(jing)向下(xia)落射到標本表(biao)面，即用同(tong)(tong)一物(wu)鏡(jing)(jing)作為照明聚(ju)光(guang)(guang)(guang)器和收集熒(ying)光(guang)(guang)(guang)的(de)物(wu)鏡(jing)(jing)。光(guang)(guang)(guang)路中(zhong)需加(jia)上一個(ge)雙色束(shu)分離器，它與光(guang)(guang)(guang)鈾呈45度(du)角，激(ji)發(fa)(fa)光(guang)(guang)(guang)被反(fan)射到物(wu)鏡(jing)(jing)中(zhong)，并聚(ju)集在樣(yang)品(pin)上，樣(yang)品(pin)所產(chan)生的(de)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)以(yi)及由物(wu)鏡(jing)(jing)透鏡(jing)(jing)表(biao)面、蓋玻片(pian)(pian)表(biao)面反(fan)射的(de)激(ji)發(fa)(fa)光(guang)(guang)(guang)同(tong)(tong)時進入物(wu)鏡(jing)(jing)，反(fan)回到雙色束(shu)分離器，使激(ji)發(fa)(fa)光(guang)(guang)(guang)和熒(ying)光(guang)(guang)(guang)分開(kai)，殘余激(ji)發(fa)(fa)光(guang)(guang)(guang)再被阻斷濾(lv)(lv)片(pian)(pian)吸收。如(ru)換用不(bu)同(tong)(tong)的(de)激(ji)發(fa)(fa)濾(lv)(lv)片(pian)(pian)／雙色束(shu)分離器／阻斷濾(lv)(lv)片(pian)(pian)的(de)組(zu)合插塊(kuai)，可滿足不(bu)同(tong)(tong)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)反(fan)應產(chan)物(wu)的(de)需要。此種熒(ying)光(guang)(guang)(guang)顯微鏡(jing)(jing)的(de)優點是(shi)(shi)視野(ye)照明均勻，成(cheng)像(xiang)清晰，放(fang)大(da)倍數愈(yu)大(da)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)愈(yu)強。

透射熒光顯微鏡的優點及缺點

光源(yuan)：高壓(ya)汞燈或(huo)鹵(lu)素燈。

聚(ju)光鏡：使用暗場聚(ju)光鏡，使激發光和熒(ying)光分離(li)出來。

物(wu)鏡：可用任何種類(lei)的(de)物(wu)鏡。

標本：因為(wei)是透(tou)射觀(guan)察，薄的標本比較適合。

優點：①由于(yu)用(yong)(yong)了(le)暗(an)場聚光(guang)鏡(jing)，激發光(guang)不能進入物鏡(jing)，因此容易形成(cheng)暗(an)的背景，得到良好的反差，且任何物鏡(jing)都可用(yong)(yong)于(yu)觀察。②用(yong)(yong)低倍物鏡(jing)時，比反射熒光(guang)顯微(wei)鏡(jing)更亮(liang)。

缺點：必須(xu)正確調整聚光鏡中(zhong)心和高(gao)度，否(fou)則不(bu)能獲(huo)得明亮的(de)熒光像。由于(yu)暗(an)視場聚光鏡焦距(ju)限制，不(bu)能使用(yong)厚(hou)的(de)載玻片。視場照明區不(bu)能過大(da)，否(fou)則容易使熒光標(biao)本熒光色衰褪。厚(hou)的(de)或(huo)不(bu)透(tou)明的(de)標(biao)本不(bu)適用(yong)。

反射熒光顯微鏡的優點及缺點
光(guang)源：高(gao)壓汞(gong)燈或(huo)鹵素燈。

聚光鏡(jing)：因為物鏡(jing)作為聚光鏡(jing)，所以不需要聚光鏡(jing)。

物(wu)(wu)鏡：所(suo)用物(wu)(wu)鏡必(bi)須能透過足夠(gou)的紫外光，而且本身不產生熒光，對(dui)數值孔(kong)徑沒有限制。

標本(ben)：厚的標本(ben)或(huo)不(bu)透(tou)明的標本(ben)都能觀察(cha)。

優點：①由于物鏡兼作聚光(guang)鏡，不(bu)(bu)需要(yao)很多調(diao)節。②采(cai)用柯拉照(zhao)明法(fa)，可利用孔徑光(guang)闌和(he)視場光(guang)闌的(de)效果(guo)。③物鏡數值(zhi)孔徑不(bu)(bu)受限制，在高放(fang)大倍率(lv)時，也(ye)可以獲得高分辨(bian)率(lv)的(de)像。④厚的(de)或不(bu)(bu)透(tou)明的(de)標本也(ye)能(neng)觀察(cha)，厚的(de)蓋玻(bo)片也(ye)能(neng)使用。⑤其它觀察(cha)法(fa)也(ye)能(neng)與反射(she)熒光(guang)結合使用，特別和(he)相差法(fa)和(he)透(tou)射(she)微(wei)分干涉差法(fa)相結合。⑥可以避免不(bu)(bu)必要(yao)的(de)熒光(guang)色衰(shuai)褪現象。

缺點：在用(yong)地(di)倍率物鏡(jing)時，像(xiang)比(bi)較(jiao)暗，因此必須(xu)用(yong)大(da)數值孔徑(jing)的物鏡(jing)。濾光(guang)鏡(jing)系統必須(xu)有效地(di)分離開激(ji)發光(guang)和熒光(guang)。